Диагностическое педиатрическое (боксированное) отделение находится в отдельном двухэтажном корпусе, имеет 8 боксов (трёхместных), 7 двухместных палат. Отделение рассчитано на 30 коек. Боксы имеют ванную, туалет. В каждой палате имеется туалет, умывальник. В отделении есть 4 палаты повышенной комфортности, где предусмотрено пребывание одного ребенка и любого члена семьи по уходу. В данных палатах имеется ванная (или душевая кабина), туалет.
В отделении - два процедурных кабинета для проведения внутривенных, внутримышечных инъекций, забора крови из вены, профилактических прививок; выделена комната для ультразвуковых ингаляций.
Все дети, находящиеся в отделении, консультируются ведущими специалистами НОДКБ, сотрудниками Приволжского медуниверситета – профессорами, кандидатами медицинских наук.